pylucene 3.5.0-3
[pylucene.git] / lucene-java-3.4.0 / lucene / contrib / analyzers / common / src / java / org / apache / lucene / analysis / shingle / ShingleMatrixFilter.java
diff --git a/lucene-java-3.4.0/lucene/contrib/analyzers/common/src/java/org/apache/lucene/analysis/shingle/ShingleMatrixFilter.java b/lucene-java-3.4.0/lucene/contrib/analyzers/common/src/java/org/apache/lucene/analysis/shingle/ShingleMatrixFilter.java
deleted file mode 100644 (file)
index 95dd380..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,1058 +0,0 @@
-package org.apache.lucene.analysis.shingle;
-
-/**
- * Licensed to the Apache Software Foundation (ASF) under one or more
- * contributor license agreements.  See the NOTICE file distributed with
- * this work for additional information regarding copyright ownership.
- * The ASF licenses this file to You under the Apache License, Version 2.0
- * (the "License"); you may not use this file except in compliance with
- * the License.  You may obtain a copy of the License at
- *
- *     http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0
- *
- * Unless required by applicable law or agreed to in writing, software
- * distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,
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- * See the License for the specific language governing permissions and
- * limitations under the License.
- */
-
-import java.io.IOException;
-import java.util.ArrayList;
-import java.util.HashSet;
-import java.util.Iterator;
-import java.util.LinkedList;
-import java.util.List;
-import java.util.NoSuchElementException;
-import java.util.Set;
-
-import org.apache.lucene.analysis.Token;
-import org.apache.lucene.analysis.TokenStream;
-import org.apache.lucene.analysis.miscellaneous.EmptyTokenStream;
-import org.apache.lucene.analysis.payloads.PayloadHelper;
-import org.apache.lucene.analysis.shingle.ShingleMatrixFilter.Matrix.Column.Row;
-import org.apache.lucene.analysis.tokenattributes.CharTermAttribute;
-import org.apache.lucene.analysis.tokenattributes.FlagsAttribute;
-import org.apache.lucene.analysis.tokenattributes.OffsetAttribute;
-import org.apache.lucene.analysis.tokenattributes.PayloadAttribute;
-import org.apache.lucene.analysis.tokenattributes.PositionIncrementAttribute;
-import org.apache.lucene.analysis.tokenattributes.TypeAttribute;
-import org.apache.lucene.index.Payload;
-
-
-/**
- * <p>A ShingleMatrixFilter constructs shingles (token n-grams) from a token stream.
- * In other words, it creates combinations of tokens as a single token.
- *
- * <p>For example, the sentence "please divide this sentence into shingles"
- * might be tokenized into shingles "please divide", "divide this",
- * "this sentence", "sentence into", and "into shingles".
- *
- * <p>Using a shingle filter at index and query time can in some instances
- * be used to replace phrase queries, especially them with 0 slop.
- *
- * <p>Without a spacer character
- * it can be used to handle composition and decomposition of words
- * such as searching for "multi dimensional" instead of "multidimensional".
- * It is a rather common human problem at query time
- * in several languages, notably the northern Germanic branch.
- *
- * <p>Shingles are amongst many things also known to solve problems
- * in spell checking, language detection and document clustering.
- *
- * <p>This filter is backed by a three dimensional column oriented matrix
- * used to create permutations of the second dimension, the rows,
- * and leaves the third, the z-axis, for for multi token synonyms.
- *
- * <p>In order to use this filter you need to define a way of positioning
- * the input stream tokens in the matrix. This is done using a
- * {@link org.apache.lucene.analysis.shingle.ShingleMatrixFilter.TokenSettingsCodec}.
- * There are three simple implementations for demonstrational purposes,
- * see {@link org.apache.lucene.analysis.shingle.ShingleMatrixFilter.OneDimensionalNonWeightedTokenSettingsCodec},
- * {@link org.apache.lucene.analysis.shingle.ShingleMatrixFilter.TwoDimensionalNonWeightedSynonymTokenSettingsCodec}
- * and {@link org.apache.lucene.analysis.shingle.ShingleMatrixFilter.SimpleThreeDimensionalTokenSettingsCodec}.
- *
- * <p>Consider this token matrix:
- * <pre>
- *  Token[column][row][z-axis]{
- *    {{hello}, {greetings, and, salutations}},
- *    {{world}, {earth}, {tellus}}
- *  };
- * </pre>
- *
- * It would produce the following 2-3 gram sized shingles:
- *
- * <pre>
- * "hello_world"
- * "greetings_and"
- * "greetings_and_salutations"
- * "and_salutations"
- * "and_salutations_world"
- * "salutations_world"
- * "hello_earth"
- * "and_salutations_earth"
- * "salutations_earth"
- * "hello_tellus"
- * "and_salutations_tellus"
- * "salutations_tellus"
- *  </pre>
- *
- * <p>This implementation can be rather heap demanding
- * if (maximum shingle size - minimum shingle size) is a great number and the stream contains many columns,
- * or if each column contains a great number of rows.
- *
- * <p>The problem is that in order avoid producing duplicates
- * the filter needs to keep track of any shingle already produced and returned to the consumer.
- *
- * There is a bit of resource management to handle this
- * but it would of course be much better if the filter was written
- * so it never created the same shingle more than once in the first place.
- *
- * <p>The filter also has basic support for calculating weights for the shingles
- * based on the weights of the tokens from the input stream, output shingle size, etc.
- * See {@link #calculateShingleWeight(org.apache.lucene.analysis.Token, java.util.List, int, java.util.List, java.util.List)}.
- * <p/>
- * @deprecated Will be removed in Lucene 4.0. This filter is unmaintained and might not behave
- * correctly if used with custom Attributes, i.e. Attributes other than
- * the ones located in <code>org.apache.lucene.analysis.tokenattributes</code>. It also uses
- * hardcoded payload encoders which makes it not easily adaptable to other use-cases.
- */
-@Deprecated
-public final class ShingleMatrixFilter extends TokenStream {
-
-  public static Character defaultSpacerCharacter = Character.valueOf('_');
-  public static TokenSettingsCodec defaultSettingsCodec = new OneDimensionalNonWeightedTokenSettingsCodec();
-  public static boolean ignoringSinglePrefixOrSuffixShingleByDefault = false;
-
-  /**
-   * Strategy used to code and decode meta data of the tokens from the input stream
-   * regarding how to position the tokens in the matrix, set and retreive weight, et c.
-   */
-  public static abstract class TokenSettingsCodec {
-
-    /**
-     * Retrieves information on how a {@link org.apache.lucene.analysis.Token} is to be inserted to a {@link org.apache.lucene.analysis.shingle.ShingleMatrixFilter.Matrix}.
-     * @param token
-     * @return {@link ShingleMatrixFilter.TokenPositioner}
-     * @throws IOException
-     */
-    public abstract TokenPositioner getTokenPositioner(Token token) throws IOException;
-
-    /**
-     * Sets information on how a {@link org.apache.lucene.analysis.Token} is to be inserted to a {@link org.apache.lucene.analysis.shingle.ShingleMatrixFilter.Matrix}.
-     *
-     * @param token
-     * @param tokenPositioner
-     */
-    public abstract void setTokenPositioner(Token token, ShingleMatrixFilter.TokenPositioner tokenPositioner);
-
-    /**
-     * Have this method return 1f in order to 'disable' weights.
-     * @param token
-     * @return the weight of parameter token
-     */
-    public abstract float getWeight(Token token);
-
-    /**
-     * Have this method do nothing in order to 'disable' weights.
-     * @param token
-     * @param weight
-     */
-    public abstract void setWeight(Token token, float weight);
-  }
-
-
-  /**
-   * Used to describe how a {@link org.apache.lucene.analysis.Token} is to be inserted to a {@link org.apache.lucene.analysis.shingle.ShingleMatrixFilter.Matrix}.
-   * @see org.apache.lucene.analysis.shingle.ShingleMatrixFilter.TokenSettingsCodec#getTokenPositioner(org.apache.lucene.analysis.Token)
-   * @see org.apache.lucene.analysis.shingle.ShingleMatrixFilter.TokenSettingsCodec#setTokenPositioner(org.apache.lucene.analysis.Token,org.apache.lucene.analysis.shingle.ShingleMatrixFilter.TokenPositioner)
-   */
-  public static class TokenPositioner {
-    public static final TokenPositioner newColumn = new TokenPositioner(0);
-    public static final TokenPositioner newRow = new TokenPositioner(1);
-    public static final TokenPositioner sameRow = new TokenPositioner(2);
-
-    private final int index;
-
-    private TokenPositioner(int index) {
-      this.index = index;
-    }
-
-    public int getIndex() {
-      return index;
-    }
-  }
-
-  // filter instance settings variables
-
-  private TokenSettingsCodec settingsCodec;
-
-  private int minimumShingleSize;
-  private int maximumShingleSize;
-
-  private boolean ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle = false;
-
-  private Character spacerCharacter = defaultSpacerCharacter;
-
-  private TokenStream input;
-
-  private CharTermAttribute termAtt;
-  private PositionIncrementAttribute posIncrAtt;
-  private PayloadAttribute payloadAtt;
-  private OffsetAttribute offsetAtt;
-  private TypeAttribute typeAtt;
-  private FlagsAttribute flagsAtt;
-
-  private CharTermAttribute in_termAtt;
-  private PositionIncrementAttribute in_posIncrAtt;
-  private PayloadAttribute in_payloadAtt;
-  private OffsetAttribute in_offsetAtt;
-  private TypeAttribute in_typeAtt;
-  private FlagsAttribute in_flagsAtt;
-
-
-  /**
-   * Creates a shingle filter based on a user defined matrix.
-   *
-   * The filter /will/ delete columns from the input matrix! You will not be able to reset the filter if you used this constructor.
-   * todo: don't touch the matrix! use a boolean, set the input stream to null or something, and keep track of where in the matrix we are at.
-   *
-   * @param matrix the input based for creating shingles. Does not need to contain any information until {@link #incrementToken()} is called the first time.
-   * @param minimumShingleSize minimum number of tokens in any shingle.
-   * @param maximumShingleSize maximum number of tokens in any shingle.
-   * @param spacerCharacter character to use between texts of the token parts in a shingle. null for none.
-   * @param ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle if true, shingles that only contains permutation of the first of the last column will not be produced as shingles. Useful when adding boundary marker tokens such as '^' and '$'.
-   * @param settingsCodec codec used to read input token weight and matrix positioning.
-   */
-  public ShingleMatrixFilter(Matrix matrix, int minimumShingleSize, int maximumShingleSize, Character spacerCharacter, boolean ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle, TokenSettingsCodec settingsCodec) {
-    this.matrix = matrix;
-    this.minimumShingleSize = minimumShingleSize;
-    this.maximumShingleSize = maximumShingleSize;
-    this.spacerCharacter = spacerCharacter;
-    this.ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle = ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle;
-    this.settingsCodec = settingsCodec;
-
-    termAtt = addAttribute(CharTermAttribute.class);
-    posIncrAtt = addAttribute(PositionIncrementAttribute.class);
-    payloadAtt = addAttribute(PayloadAttribute.class);
-    offsetAtt = addAttribute(OffsetAttribute.class);
-    typeAtt = addAttribute(TypeAttribute.class);
-    flagsAtt = addAttribute(FlagsAttribute.class);
-
-    // set the input to be an empty token stream, we already have the data.
-    this.input = new EmptyTokenStream();
-
-    in_termAtt = input.addAttribute(CharTermAttribute.class);
-    in_posIncrAtt = input.addAttribute(PositionIncrementAttribute.class);
-    in_payloadAtt = input.addAttribute(PayloadAttribute.class);
-    in_offsetAtt = input.addAttribute(OffsetAttribute.class);
-    in_typeAtt = input.addAttribute(TypeAttribute.class);
-    in_flagsAtt = input.addAttribute(FlagsAttribute.class);
-  }
-
-  /**
-   * Creates a shingle filter using default settings.
-   *
-   * @see #defaultSpacerCharacter
-   * @see #ignoringSinglePrefixOrSuffixShingleByDefault
-   * @see #defaultSettingsCodec
-   *
-   * @param input stream from which to construct the matrix
-   * @param minimumShingleSize minimum number of tokens in any shingle.
-   * @param maximumShingleSize maximum number of tokens in any shingle.
-   */
-  public ShingleMatrixFilter(TokenStream input, int minimumShingleSize, int maximumShingleSize) {
-    this(input, minimumShingleSize, maximumShingleSize, defaultSpacerCharacter);
-  }
-
-
-  /**
-   * Creates a shingle filter using default settings.
-   *
-   * @see #ignoringSinglePrefixOrSuffixShingleByDefault
-   * @see #defaultSettingsCodec
-   *
-   * @param input stream from which to construct the matrix
-   * @param minimumShingleSize minimum number of tokens in any shingle.
-   * @param maximumShingleSize maximum number of tokens in any shingle.
-   * @param spacerCharacter character to use between texts of the token parts in a shingle. null for none.
-   */
-  public ShingleMatrixFilter(TokenStream input, int minimumShingleSize, int maximumShingleSize, Character spacerCharacter) {
-    this(input, minimumShingleSize, maximumShingleSize, spacerCharacter, ignoringSinglePrefixOrSuffixShingleByDefault);
-  }
-
-  /**
-   * Creates a shingle filter using the default {@link TokenSettingsCodec}.
-   *
-   * @see #defaultSettingsCodec
-   *
-   * @param input stream from which to construct the matrix
-   * @param minimumShingleSize minimum number of tokens in any shingle.
-   * @param maximumShingleSize maximum number of tokens in any shingle.
-   * @param spacerCharacter character to use between texts of the token parts in a shingle. null for none.
-   * @param ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle if true, shingles that only contains permutation of the first of the last column will not be produced as shingles. Useful when adding boundary marker tokens such as '^' and '$'.
-   */
-  public ShingleMatrixFilter(TokenStream input, int minimumShingleSize, int maximumShingleSize, Character spacerCharacter, boolean ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle) {
-    this(input, minimumShingleSize, maximumShingleSize, spacerCharacter, ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle, defaultSettingsCodec);
-  }
-
-
-  /**
-   * Creates a shingle filter with ad hoc parameter settings.
-   *
-   * @param input stream from which to construct the matrix
-   * @param minimumShingleSize minimum number of tokens in any shingle.
-   * @param maximumShingleSize maximum number of tokens in any shingle.
-   * @param spacerCharacter character to use between texts of the token parts in a shingle. null for none.
-   * @param ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle if true, shingles that only contains permutation of the first of the last column will not be produced as shingles. Useful when adding boundary marker tokens such as '^' and '$'.
-   * @param settingsCodec codec used to read input token weight and matrix positioning.
-   */
-  public ShingleMatrixFilter(TokenStream input, int minimumShingleSize, int maximumShingleSize, Character spacerCharacter, boolean ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle, TokenSettingsCodec settingsCodec) {
-    this.input = input;
-    this.minimumShingleSize = minimumShingleSize;
-    this.maximumShingleSize = maximumShingleSize;
-    this.spacerCharacter = spacerCharacter;
-    this.ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle = ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle;
-    this.settingsCodec = settingsCodec;
-    termAtt = addAttribute(CharTermAttribute.class);
-    posIncrAtt = addAttribute(PositionIncrementAttribute.class);
-    payloadAtt = addAttribute(PayloadAttribute.class);
-    offsetAtt = addAttribute(OffsetAttribute.class);
-    typeAtt = addAttribute(TypeAttribute.class);
-    flagsAtt = addAttribute(FlagsAttribute.class);
-
-    in_termAtt = input.addAttribute(CharTermAttribute.class);
-    in_posIncrAtt = input.addAttribute(PositionIncrementAttribute.class);
-    in_payloadAtt = input.addAttribute(PayloadAttribute.class);
-    in_offsetAtt = input.addAttribute(OffsetAttribute.class);
-    in_typeAtt = input.addAttribute(TypeAttribute.class);
-    in_flagsAtt = input.addAttribute(FlagsAttribute.class);
-  }
-
-  // internal filter instance variables
-
-  /** iterator over the current matrix row permutations */
-  private Iterator<Matrix.Column.Row[]> permutations;
-
-  /** the current permutation of tokens used to produce shingles */
-  private List<Token> currentPermuationTokens;
-  /** index to what row a token in currentShingleTokens represents*/
-  private List<Matrix.Column.Row> currentPermutationRows;
-
-  private int currentPermutationTokensStartOffset;
-  private int currentShingleLength;
-
-  /**
-   * a set containing shingles that has been the result of a call to {@link #incrementToken()},
-   * used to avoid producing the same shingle more than once.
-   */
-  private Set<List<Token>> shinglesSeen = new HashSet<List<Token>>();
-
-
-  @Override
-  public void reset() throws IOException {
-    permutations = null;
-    shinglesSeen.clear();
-    input.reset();
-  }
-
-  private Matrix matrix;
-
-  private Token reusableToken = new Token();
-
-  @Override
-  public final boolean incrementToken() throws IOException {
-    if (matrix == null) {
-      matrix = new Matrix();
-      // fill matrix with maximumShingleSize columns
-      while (matrix.columns.size() < maximumShingleSize && readColumn()) {
-        // this loop looks ugly
-      }
-    }
-
-    // this loop exists in order to avoid recursive calls to the next method
-    // as the complexity of a large matrix
-    // then would require a multi gigabyte sized stack.
-    Token token;
-    do {
-      token = produceNextToken(reusableToken);
-    } while (token == request_next_token);
-    if (token == null) return false;
-
-    clearAttributes();
-    termAtt.copyBuffer(token.buffer(), 0, token.length());
-    posIncrAtt.setPositionIncrement(token.getPositionIncrement());
-    flagsAtt.setFlags(token.getFlags());
-    offsetAtt.setOffset(token.startOffset(), token.endOffset());
-    typeAtt.setType(token.type());
-    payloadAtt.setPayload(token.getPayload());
-    return true;
-  }
-
-  private Token getNextInputToken(Token token) throws IOException {
-    if (!input.incrementToken()) return null;
-    token.copyBuffer(in_termAtt.buffer(), 0, in_termAtt.length());
-    token.setPositionIncrement(in_posIncrAtt.getPositionIncrement());
-    token.setFlags(in_flagsAtt.getFlags());
-    token.setOffset(in_offsetAtt.startOffset(), in_offsetAtt.endOffset());
-    token.setType(in_typeAtt.type());
-    token.setPayload(in_payloadAtt.getPayload());
-    return token;
-  }
-
-  private Token getNextToken(Token token) throws IOException {
-    if (!this.incrementToken()) return null;
-    token.copyBuffer(termAtt.buffer(), 0, termAtt.length());
-    token.setPositionIncrement(posIncrAtt.getPositionIncrement());
-    token.setFlags(flagsAtt.getFlags());
-    token.setOffset(offsetAtt.startOffset(), offsetAtt.endOffset());
-    token.setType(typeAtt.type());
-    token.setPayload(payloadAtt.getPayload());
-    return token;
-  }
-
-  private static final Token request_next_token = new Token();
-
-  /**
-   * This method exists in order to avoid recursive calls to the method
-   * as the complexity of a fairly small matrix then easily would require
-   * a gigabyte sized stack per thread.
-   *
-   * @param reusableToken
-   * @return null if exhausted, instance request_next_token if one more call is required for an answer, or instance parameter resuableToken.
-   * @throws IOException
-   */
-  private Token produceNextToken(final Token reusableToken) throws IOException {
-
-    if (currentPermuationTokens != null) {
-      currentShingleLength++;
-
-      if (currentShingleLength + currentPermutationTokensStartOffset <= currentPermuationTokens.size()
-          && currentShingleLength <= maximumShingleSize) {
-
-        // it is possible to create at least one more shingle of the current matrix permutation
-
-        if (ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle
-            && currentShingleLength == 1
-            && ((currentPermutationRows.get(currentPermutationTokensStartOffset)).getColumn().isFirst() || (currentPermutationRows.get(currentPermutationTokensStartOffset)).getColumn().isLast())) {
-          return getNextToken(reusableToken);
-        }
-
-        int termLength = 0;
-
-        List<Token> shingle = new ArrayList<Token>(currentShingleLength);
-
-        for (int i = 0; i < currentShingleLength; i++) {
-          Token shingleToken = currentPermuationTokens.get(i + currentPermutationTokensStartOffset);
-          termLength += shingleToken.length();
-          shingle.add(shingleToken);
-        }
-        if (spacerCharacter != null) {
-          termLength += currentShingleLength - 1;
-        }
-
-        // only produce shingles that not already has been created
-        if (!shinglesSeen.add(shingle)) {
-          return request_next_token;
-        }
-
-        // shingle token factory
-        StringBuilder sb = new StringBuilder(termLength + 10); // paranormal ability to foresee the future.
-        for (Token shingleToken : shingle) {
-          if (spacerCharacter != null && sb.length() > 0) {
-            sb.append(spacerCharacter);
-          }
-          sb.append(shingleToken.buffer(), 0, shingleToken.length());
-        }
-        reusableToken.setEmpty().append(sb);
-        updateToken(reusableToken, shingle, currentPermutationTokensStartOffset, currentPermutationRows, currentPermuationTokens);
-
-        return reusableToken;
-
-      } else {
-
-        // it is NOT possible to create one more shingles of the current matrix permutation
-
-        if (currentPermutationTokensStartOffset < currentPermuationTokens.size() - 1) {
-          // reset shingle size and move one step to the right in the current tokens permutation
-          currentPermutationTokensStartOffset++;
-          currentShingleLength = minimumShingleSize - 1;
-          return request_next_token;
-        }
-
-
-        if (permutations == null) {
-          // todo does this ever occur?
-          return null;
-        }
-
-
-        if (!permutations.hasNext()) {
-
-          // load more data (if available) to the matrix
-
-          if (input != null && readColumn()) {
-            // don't really care, we just read it.
-          }
-
-          // get rid of resources
-
-          // delete the first column in the matrix
-          Matrix.Column deletedColumn = matrix.columns.remove(0);
-
-          // remove all shingles seen that include any of the tokens from the deleted column.
-          List<Token> deletedColumnTokens = new ArrayList<Token>();
-          for (Matrix.Column.Row row : deletedColumn.getRows()) {
-            for (Token token : row.getTokens()) {
-              deletedColumnTokens.add(token);
-            }
-
-          }
-          for (Iterator<List<Token>> shinglesSeenIterator = shinglesSeen.iterator(); shinglesSeenIterator.hasNext();) {
-            List<Token> shingle = shinglesSeenIterator.next();
-            for (Token deletedColumnToken : deletedColumnTokens) {
-              if (shingle.contains(deletedColumnToken)) {
-                shinglesSeenIterator.remove();
-                break;
-              }
-            }
-          }
-
-
-          if (matrix.columns.size() < minimumShingleSize) {
-            // exhausted
-            return null;
-          }
-
-          // create permutations of the matrix it now looks
-          permutations = matrix.permutationIterator();
-        }
-
-        nextTokensPermutation();
-        return request_next_token;
-
-      }
-    }
-
-    if (permutations == null) {
-      permutations = matrix.permutationIterator();
-    }
-
-    if (!permutations.hasNext()) {
-      return null;
-    }
-
-    nextTokensPermutation();
-
-    return request_next_token;
-  }
-
-  /**
-   * get next permutation of row combinations,
-   * creates list of all tokens in the row and
-   * an index from each such token to what row they exist in.
-   * finally resets the current (next) shingle size and offset.
-   */
-  private void nextTokensPermutation() {
-    Matrix.Column.Row[] rowsPermutation = permutations.next();
-    List<Matrix.Column.Row> currentPermutationRows = new ArrayList<Matrix.Column.Row>();
-    List<Token> currentPermuationTokens = new ArrayList<Token>();
-    for (Matrix.Column.Row row : rowsPermutation) {
-      for (Token token : row.getTokens()) {
-        currentPermuationTokens.add(token);
-        currentPermutationRows.add(row);
-      }
-    }
-    this.currentPermuationTokens = currentPermuationTokens;
-    this.currentPermutationRows = currentPermutationRows;
-
-    currentPermutationTokensStartOffset = 0;
-    currentShingleLength = minimumShingleSize - 1;
-
-  }
-
-  /**
-   * Final touch of a shingle token before it is passed on to the consumer from method {@link #incrementToken()}.
-   *
-   * Calculates and sets type, flags, position increment, start/end offsets and weight.
-   *
-   * @param token Shingle token
-   * @param shingle Tokens used to produce the shingle token.
-   * @param currentPermutationStartOffset Start offset in parameter currentPermutationTokens
-   * @param currentPermutationRows index to Matrix.Column.Row from the position of tokens in parameter currentPermutationTokens
-   * @param currentPermuationTokens tokens of the current permutation of rows in the matrix.
-   */
-  public void updateToken(Token token, List<Token> shingle, int currentPermutationStartOffset, List<Row> currentPermutationRows, List<Token> currentPermuationTokens) {
-    token.setType(ShingleMatrixFilter.class.getName());
-    token.setFlags(0);
-    token.setPositionIncrement(1);
-    token.setStartOffset(shingle.get(0).startOffset());
-    token.setEndOffset(shingle.get(shingle.size() - 1).endOffset());
-    settingsCodec.setWeight(token, calculateShingleWeight(token, shingle, currentPermutationStartOffset, currentPermutationRows, currentPermuationTokens));
-  }
-
-  /**
-   * Evaluates the new shingle token weight.
-   *
-   * for (shingle part token in shingle)
-   * weight +=  shingle part token weight * (1 / sqrt(all shingle part token weights summed))
-   *
-   * This algorithm gives a slightly greater score for longer shingles
-   * and is rather penalising to great shingle token part weights.
-   *
-   * @param shingleToken token returned to consumer
-   * @param shingle tokens the tokens used to produce the shingle token.
-   * @param currentPermutationStartOffset start offset in parameter currentPermutationRows and currentPermutationTokens.
-   * @param currentPermutationRows an index to what matrix row a token in parameter currentPermutationTokens exist.
-   * @param currentPermuationTokens all tokens in the current row permutation of the matrix. A sub list (parameter offset, parameter shingle.size) equals parameter shingle.
-   * @return weight to be set for parameter shingleToken
-   */
-  public float calculateShingleWeight(Token shingleToken, List<Token> shingle, int currentPermutationStartOffset, List<Row> currentPermutationRows, List<Token> currentPermuationTokens) {
-    double[] weights = new double[shingle.size()];
-
-    double total = 0f;
-    double top = 0d;
-
-
-    for (int i=0; i<weights.length; i++) {
-      weights[i] = settingsCodec.getWeight(shingle.get(i));
-
-      double tmp = weights[i];
-      if (tmp > top) {
-        top = tmp;
-      }
-      total += tmp;
-    }
-
-    double factor = 1d / Math.sqrt(total);
-
-    double weight = 0d;
-    for (double partWeight : weights) {
-      weight += partWeight * factor;
-    }
-
-    return (float) weight;
-  }
-
-
-  private Token readColumnBuf;
-
-  /**
-   * Loads one column from the token stream.
-   *
-   * When the last token is read from the token stream it will column.setLast(true);
-   *
-   * @return true if it manage to read one more column from the input token stream
-   * @throws IOException if the matrix source input stream throws an exception
-   */
-  private boolean readColumn() throws IOException {
-
-    Token token;
-    if (readColumnBuf != null) {
-      token = readColumnBuf;
-      readColumnBuf = null;
-    } else {
-      token = getNextInputToken(new Token());
-    }
-
-    if (token == null) {
-      return false;
-    }
-
-    Matrix.Column currentReaderColumn = matrix.new Column();
-    Matrix.Column.Row currentReaderRow = currentReaderColumn.new Row();
-
-    currentReaderRow.getTokens().add(token);
-    TokenPositioner tokenPositioner;
-    while ((readColumnBuf = getNextInputToken(new Token())) != null
-        && (tokenPositioner = settingsCodec.getTokenPositioner(readColumnBuf)) != TokenPositioner.newColumn) {
-
-      if (tokenPositioner == TokenPositioner.sameRow) {
-        currentReaderRow.getTokens().add(readColumnBuf);
-      } else /*if (tokenPositioner == TokenPositioner.newRow)*/ {
-        currentReaderRow = currentReaderColumn.new Row();
-        currentReaderRow.getTokens().add(readColumnBuf);
-      }
-      readColumnBuf = null;
-
-    }
-
-    if (readColumnBuf == null) {
-      readColumnBuf = getNextInputToken(new Token());
-      if (readColumnBuf == null) {
-        currentReaderColumn.setLast(true);
-      }
-    }
-
-
-    return true;
-
-  }
-
-
-  /**
-   * A column focused matrix in three dimensions:
-   *
-   * <pre>
-   * Token[column][row][z-axis] {
-   *     {{hello}, {greetings, and, salutations}},
-   *     {{world}, {earth}, {tellus}}
-   * };
-   * </pre>
-   *
-   * todo consider row groups
-   * to indicate that shingles is only to contain permutations with texts in that same row group.
-   *
-   */
-  public static class Matrix {
-
-    private boolean columnsHasBeenCreated = false;
-
-    private List<Column> columns = new ArrayList<Column>();
-
-    public List<Column> getColumns() {
-      return columns;
-    }
-
-    public class Column {
-
-      private boolean last;
-      private boolean first;
-
-      public Matrix getMatrix() {
-        return Matrix.this;
-      }
-
-      public Column(Token token) {
-        this();
-        Row row = new Row();
-        row.getTokens().add(token);
-      }
-
-      public Column() {
-        synchronized (Matrix.this) {
-          if (!columnsHasBeenCreated) {
-            this.setFirst(true);
-            columnsHasBeenCreated = true;
-          }
-        }
-        Matrix.this.columns.add(this);
-      }
-
-      private List<Row> rows = new ArrayList<Row>();
-
-      public List<Row> getRows() {
-        return rows;
-      }
-
-
-      public int getIndex() {
-        return Matrix.this.columns.indexOf(this);
-      }
-
-      @Override
-      public String toString() {
-        return "Column{" +
-            "first=" + first +
-            ", last=" + last +
-            ", rows=" + rows +
-            '}';
-      }
-
-      public boolean isFirst() {
-        return first;
-      }
-
-      public void setFirst(boolean first) {
-        this.first = first;
-      }
-
-      public void setLast(boolean last) {
-        this.last = last;
-      }
-
-      public boolean isLast() {
-        return last;
-      }
-
-      public class Row {
-
-        public Column getColumn() {
-          return Column.this;
-        }
-
-        private List<Token> tokens = new LinkedList<Token>();
-
-        public Row() {
-          Column.this.rows.add(this);
-        }
-
-        public int getIndex() {
-          return Column.this.rows.indexOf(this);
-        }
-
-        public List<Token> getTokens() {
-          return tokens;
-        }
-
-        public void setTokens(List<Token> tokens) {
-          this.tokens = tokens;
-        }
-
-//        public int getStartOffset() {
-//          int ret = tokens[0].startOffset();
-//          if (getIndex() > 0 && ret == 0) {
-//            ret = Column.this.rows.get(0).getStartOffset();
-//          }
-//          return ret;
-//        }
-//
-//        public int getEndOffset() {
-//          int ret = tokens[tokens.length - 1].endOffset();
-//          if (getIndex() > 0 && ret == 0) {
-//            ret = Column.this.rows.get(0).getEndOffset();
-//          }
-//          return ret;
-//        }
-
-        @Override
-        public String toString() {
-          return "Row{" +
-              "index=" + getIndex() +
-              ", tokens=" + (tokens == null ? null : tokens) +
-              '}';
-        }
-      }
-
-    }
-
-
-    public Iterator<Column.Row[]> permutationIterator() {
-
-      return new Iterator<Column.Row[]>() {
-
-        private int[] columnRowCounters = new int[columns.size()];
-
-        public void remove() {
-          throw new IllegalStateException("not implemented");
-        }
-
-        public boolean hasNext() {
-          int s = columnRowCounters.length;
-          int n = columns.size();
-          return s != 0 && n >= s && columnRowCounters[s - 1] < (columns.get(s - 1)).getRows().size();
-        }
-
-        public Column.Row[] next() {
-          if (!hasNext()) {
-            throw new NoSuchElementException("no more elements");
-          }
-
-          Column.Row[] rows = new Column.Row[columnRowCounters.length];
-
-          for (int i = 0; i < columnRowCounters.length; i++) {
-            rows[i] = columns.get(i).rows.get(columnRowCounters[i]);
-          }
-          incrementColumnRowCounters();
-
-          return rows;
-        }
-
-        private void incrementColumnRowCounters() {
-          for (int i = 0; i < columnRowCounters.length; i++) {
-            columnRowCounters[i]++;
-            if (columnRowCounters[i] == columns.get(i).rows.size() &&
-                i < columnRowCounters.length - 1) {
-              columnRowCounters[i] = 0;
-            } else {
-              break;
-            }
-          }
-        }
-      };
-    }
-
-    @Override
-    public String toString() {
-      return "Matrix{" +
-          "columns=" + columns +
-          '}';
-    }
-  }
-
-
-  public int getMinimumShingleSize() {
-    return minimumShingleSize;
-  }
-
-  public void setMinimumShingleSize(int minimumShingleSize) {
-    this.minimumShingleSize = minimumShingleSize;
-  }
-
-  public int getMaximumShingleSize() {
-    return maximumShingleSize;
-  }
-
-  public void setMaximumShingleSize(int maximumShingleSize) {
-    this.maximumShingleSize = maximumShingleSize;
-  }
-
-
-  public Matrix getMatrix() {
-    return matrix;
-  }
-
-  public void setMatrix(Matrix matrix) {
-    this.matrix = matrix;
-  }
-
-  public Character getSpacerCharacter() {
-    return spacerCharacter;
-  }
-
-  public void setSpacerCharacter(Character spacerCharacter) {
-    this.spacerCharacter = spacerCharacter;
-  }
-
-  public boolean isIgnoringSinglePrefixOrSuffixShingle() {
-    return ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle;
-  }
-
-  public void setIgnoringSinglePrefixOrSuffixShingle(boolean ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle) {
-    this.ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle = ignoringSinglePrefixOrSuffixShingle;
-  }
-
-  /**
-   * Using this codec makes a {@link ShingleMatrixFilter} act like {@link org.apache.lucene.analysis.shingle.ShingleFilter}.
-   * It produces the most simple sort of shingles, ignoring token position increments, et c.
-   *
-   * It adds each token as a new column.
-   */
-  public static class OneDimensionalNonWeightedTokenSettingsCodec extends TokenSettingsCodec {
-
-    @Override
-    public TokenPositioner getTokenPositioner(Token token) throws IOException {
-      return TokenPositioner.newColumn;
-    }
-
-    @Override
-    public void setTokenPositioner(Token token, TokenPositioner tokenPositioner) {
-    }
-
-    @Override
-    public float getWeight(Token token) {
-      return 1f;
-    }
-
-    @Override
-    public void setWeight(Token token, float weight) {
-    }
-
-  }
-
-
-  /**
-   * A codec that creates a two dimensional matrix
-   * by treating tokens from the input stream with 0 position increment
-   * as new rows to the current column.
-   */
-  public static class TwoDimensionalNonWeightedSynonymTokenSettingsCodec extends TokenSettingsCodec {
-
-    @Override
-    public TokenPositioner getTokenPositioner(Token token) throws IOException {
-      if (token.getPositionIncrement() == 0) {
-        return TokenPositioner.newRow;
-      } else {
-        return TokenPositioner.newColumn;
-      }
-    }
-
-    @Override
-    public void setTokenPositioner(Token token, TokenPositioner tokenPositioner) {
-      throw new UnsupportedOperationException();
-    }
-
-    @Override
-    public float getWeight(Token token) {
-      return 1f;
-    }
-
-    @Override
-    public void setWeight(Token token, float weight) {
-    }
-
-  }
-
-  /**
-   * A full featured codec not to be used for something serious.
-   *
-   * It takes complete control of
-   * payload for weight
-   * and the bit flags for positioning in the matrix.
-   *
-   * Mainly exist for demonstrational purposes.
-   */
-  public static class SimpleThreeDimensionalTokenSettingsCodec extends TokenSettingsCodec {
-
-    /**
-     * @param token
-     * @return the token flags int value as TokenPosition
-     * @throws IOException
-     */
-    @Override
-    public TokenPositioner getTokenPositioner(Token token) throws IOException {
-      switch (token.getFlags()) {
-        case 0:
-          return TokenPositioner.newColumn;
-        case 1:
-          return TokenPositioner.newRow;
-        case 2:
-          return TokenPositioner.sameRow;
-      }
-      throw new IOException("Unknown matrix positioning of token " + token);
-    }
-
-    /**
-     * Sets the TokenPositioner as token flags int value.
-     *
-     * @param token
-     * @param tokenPositioner
-     */
-    @Override
-    public void setTokenPositioner(Token token, TokenPositioner tokenPositioner) {
-      token.setFlags(tokenPositioner.getIndex());
-    }
-
-    /**
-     * Returns a 32 bit float from the payload, or 1f it null.
-     *
-     * @param token
-     * @return 32 bit float
-     */
-    @Override
-    public float getWeight(Token token) {
-      if (token.getPayload() == null || token.getPayload().getData() == null) {
-        return 1f;
-      } else {
-        return PayloadHelper.decodeFloat(token.getPayload().getData());
-      }
-    }
-
-    /**
-     * Stores a 32 bit float in the payload, or set it to null if 1f;
-     * @param token
-     * @param weight
-     */
-    @Override
-    public void setWeight(Token token, float weight) {
-      if (weight == 1f) {
-        token.setPayload(null);
-      } else {
-        token.setPayload(new Payload(PayloadHelper.encodeFloat(weight)));
-      }
-    }
-
-  }
-
-
-}